市交通運輸局貫徹落實中央關于交通運輸工作的方針政策和省委、蘇州市委、昆山市委的決策部署，在履行職責過程中堅持和加強黨對交通運輸工作的集中統一領導。主要職責是：
1. 貫徹執行黨和國家有關交通運輸的方針政策、法律法規，組織起草交通運輸地方性實施意見和規范性文件；擬訂交通運輸行業有關政策并監督實施，實施交通運輸行業體制改革工作。
2. 組織編制全市綜合運輸體系規劃，組織擬訂并監督實施全市公路、航道、港口、城鄉客運和交通物流業等行業發展規劃，參與擬訂地方鐵路、軌道交通、民用航空、綜合交通運輸樞紐的建設規劃。會同有關部門編制交通運輸固定資產投資計劃。負責交通運輸行業統計和信息發布工作。
3. 組織實施市級公路、水運工程建設。負責全市公路、水運工程建設和維護的行業管理。負責全市公路、水運工程市場的監督和管理，監督全市公路、水運工程的質量與安全。負責港口岸線、陸域、水域交通運輸的統一管理工作。
4. 承擔全市道路、水路運輸市場管理職責。負責城鄉公共汽車、客運出租汽車和軌道交通運營行業管理工作。指導交通運輸樞紐管理工作。擬定有關交通物流業政策和標準并監督實施。
5. 負責全市交通運輸綜合行政執法工作。負責全市通航水域的水上交通安全監督，組織協調內河救助打撈工作。負責船舶污染防治監督管理工作，協助做好船舶檢驗工作。
6. 貫徹落實省關于交通運輸行業的投融資政策和規費政策并監督實施。協調并參與交通運輸建設資金籌集。負責交通運輸預算資金的申請、撥付和監管。負責交通運輸行業內部審計、內管干部經濟責任審計工作，監督管理局屬企業國有資產。
7. 擬訂全市交通運輸行業科技與信息化政策、規劃和規范并組織實施，組織重大交通科技項目攻關。指導協調交通運輸行業信息化項目的建設與管理。指導并監督交通運輸行業科學技術、環保、節能減排工作。
8. 負責全市交通運輸行業安全生產的監督管理。承擔并指導全市交通運輸行業應急處置工作。組織實施重點物資運輸和緊急運輸。組織協調節假日運輸等重大交通保障工作。
9. 承擔全市地方鐵路建設項目的組織協調工作。承擔全市民用航空的相關管理和服務工作。承擔市國防動員委員會交通戰備辦公室工作。
10. 指導全市交通運輸行業隊伍建設、精神文明建設、作風建設工作。負責局屬單位黨、工、團、婦女工作。指導全市交通運輸行業利用外資和對外交流合作。協調交通運輸行業對臺服務工作。
11. 宣傳貫徹安全生產、消防安全、環境保護和生態文明建設等方面的法律法規和方針政策，并認真履行好相關工作職責和責任。
12. 完成市委、市政府交辦的其它任務。
13. 職能轉變。深化相對集中行政許可權改革，建立行政審批與監管協調聯動制度。市行政審批局負責劃轉事項的行政審批過程和結果，并將相關信息同步推送至市交通運輸局，市交通運輸局在市行政審批局行使行政許可權過程中提供法律法規、政策依據、技術服務等綜合支撐，按照審批結果及時開展事中事后監管，承擔監管主體責任。
14. 與市農業農村局的有關職責分工。市交通運輸局做好漁船檢驗相關銜接工作，市農業農村局負責漁船檢驗和監督管理工作。
